오늘날에 이르러서는 예수의 사랑받던 제자 사도 요한을 저자로 보지는 않는다. 하지만 이 복음서의 저자는 예수의 예루살렘 활동상을 직접 목격한 증인으로서 1세기 말 교회에 커다란 영향을 끼친 인물로 여겨진다.
복음서 전체에 흐르는 유대적 분위기와 유대인들과의 대립을 보면 이 복음서는 유대계 그리스도인을 위해 쓴 것으로 보인다. 예루살렘 멸망 이후 그리스도인들에 대한 유대인들의 박해가 더욱 심해지는데다 영지주의의 영향을 받아 예수의 신적인 면만을 극단적으로 강조하면서 일어난 교회 내적인 혼란을 바로잡고자 복음서를 집필하게 된 것으로 여겨진다.

요한 복음은 총 21장이다. 머리말(1,1-18), 일곱 표징을 중심으로 구원 이 성취되었음을 전하는 표징의 책 (1,19-12장), 때가 되어 수난하시고 부활 하시어 당신의 영광을 드러내는 영광의 책 (13-21장)등 크게 세 부분으로 나눌 수 있다.