묵주기도는 도미니코 성인이 선교를 하다가 어려움을 당했을 때, 성모님이 나타나셔서 묵주를 주시며 기도하라 하셨다는 데서 시작되었다고도 한다. 또는 12세기에 글을 모르는 신자들이 미사를 드릴때 시편 구절을 잘 읽지 못하니까, 그 대신 주님의 기도를 3회에 걸쳐 150번 암송하던 관습에서 발전되었다고도 한다. 

초기교회의 순교자들은 자신을 주님께 바친다는 의미로 머리에 장미화관을 쓰고 순교를 당했다. 교회에서는 신자들의 신심을 증진시키기 위해 신자들이 묵주기도를 바치도록 권장해 왔다. 교황 성 비오5세는 묵주기도의 방식을 묵상 기도와 염경 기도로 구성하여 표준화시켰다. 

성모님은 1830년 파리에서, 1846 라 살레떼에서, 1858년 루르드에서 벨라데따에게, 1871년 폰트매인에서, 1917년 파티마에서 6번이나 발현하실 때마다 죄인의 회개와 세계의 평화를 위하여 묵주기도를 바치도록 부탁하셨다. 

묵주기도는 우리로 하여금 성모 마리아를 통해 언제나 하느님과 끊임없는 대화 속에 생활하도록 한다. 그리스도 안에서 이루어지는 하느님 구원의 신비를 묵상함으로써 더욱 우리 자신을 주님과 일치시켜 나갈 수 있다. 
 

  묵주기도는 염경 기도(기도문)를 계속 되풀이 하여 바치면서, 환희와 고통과 영광의 각 신비마다 제시되어 있는 묵상 주제를 따라 더욱더 깊이 주님 구원의 신비를 깨닫고, 주께서 이끌어 주시는 대로 주님의 모습을 뵈오며 또한 주님 그 신비에 참여하게 해준다. 

염경 기도는 주님께서 직접 지어 주신 주님의 기도와 교회에서 신자들에게 바치도록 기도문을 만들어서 다 함께 한 목소리로 바치는 기도이다. 묵주기도를 바칠 때 분심을 떨쳐 버리고 신비 안에 깊숙이 들어가기 위하여, 주님의 기도와 성모송과 영광송과 구원송을 계속 반복한다. 

묵상 기도는 주님의 신비를 생각하고 기려, 자신의 매일 생활 안에서 주님의 뜻과 말씀을 새기고 다짐하는 기도이다. 
 

묵주의 9일기도는 매일 한 신비(5단)씩 '환희'와 '고통', '영광의 신비' 순으로 3번 되풀이하여 바치는 기도를 말한다. 어떤 경우에는 개인이나 공동체가 주님께 바라는 청원과 그 응답에 대한 감사를 드리기 위해, 9일을 3번씩 바쳐 27일을 청원과 감사의 2과정으로 반복하여, 모두 54일 동안 바치기도 한다. 

그러나 54일 기도가 완전하고 충분한 기도라고 말할 수만은 없다. 왜냐하면 우리가 기도를 열심히 많이 한다고 해서 주님께서 우리에게 은총을 내려주시는 것이 아니라, 순수하고 진실한 마음으로 청할때 주님께서 우리에게 선물로 내려 주시는 것이기 때문이다. 

또한 주님의 은총은 현실적으로 인간에게 복을 주고 고통의 아픔을 치유하기도 한다. 그러나 한편 공동체 모두에게 주님의 뜻이 전달되고 실현되기 위해서 오히려 주님의 은총이 현실적인 축복과 풍요와는 반대가 될 경우도 있다(예 : 처녀가 아이를 뱀 - 당시의 풍습으로는 처녀가 아이를 배면 돌로 쳐죽였다)는 사실을 기억해야 한다. 

주님께 청할 때에는 우리가 청하는 것이 주님의 뜻 안에 있기를 빌어야 하며, 주님의 뜻 밖에 있는 것이라면 주님께서 우리를 주님의 뜻에 맞추어 변화시켜 주시기를 아울러 청해야 한다. 

한편 지금 당장 주님께서 우리의 청을 들어주시지 않았다고 포기하거나 실망할 필요는 없다. 왜냐하면 아직 이루어지지 않았다고 해서 영 안들어 주시는 것은 아니기 때문이다. 때를 기다리며, 진실된 마음으로 기도하며 그 방향으로 나갈 때 때가 차면 이루어 주실 것이다. 

만일 주님의 뜻 밖에 있다면 우리로 하여금 기도 생활 안에서 알도록 일러 주실 것이요, 우리가 알아듣지 못했다면 다른 방법으로 우리를 이끌어 주실 것이라는 확신과 애정을 가지고 주님께 나아가야 한다. 

"하느님께서는 우리 안에서 힘차게 활동하시면서 우리가 바라거나 생각하는 것보다 훨씬 더 풍성하게 베풀어주실 수 있는 분이십니다."(에페3,20)