1) 개화기
  병인박해가 끝나고 개화기에 접어든 한국교회는 1882년 미국을 선두로 한 구미 열강과의 조약체결을 전후로 하여 천주교의 선교가 묵인되는 상태에 접어들었으며, 1882년의 한한학교(漢韓學校) 등 교육기관의 설립과 고아원, 양로원 등의 사회복지시설을 통해 신앙의 자유를 위한 꾸준한 노력이 전개되었다. 또한 교세확장을 위한 성당의 설립도 이 시기를 전후하여 이루어졌는데, 명동성당 건립을 위한 토지를 비밀히 매입(1883)하는 등 전국 여러 지역에서 본당설립이 이루어졌다. 이러한 내적 노력과 함께 1886년 한불조약을 통해 프랑스인에 대한 보호조문에 의거하여 선교사들의 여행과 활동이 보장되었으며, 이에 따라 본격적인 선교가 실시되었다.
  한불조약 체결후부터 1905년 을사보호조약에 의해 외교권이 일본에 강탈당할 때까지 천주교에 대한 개인이나 사회집단 또는 지방관청에 의한 많은 탄압과 불편한 관계가 지속되었으니 이를 교안(敎案)이라 한다. 이러한 교안의 원인으로는 교인들 사이의 분쟁과, 치외법권을 행사한 선교사들의 월권행위, 또는 지방 토착문화에 대한 몰이해 등을 들 수 있으며, 그 해결방법도 각 지역의 전교신부나 선교사가 주교나 선교본부에 연락하면 그들은 국내의 외교공사관에 외교적 절충을 요청하며 이에 따라 조선정부의 외부(外部)와 내부(內部)가 연락하여 검토한 결과를 현지 관료에게 지시하는 형태를 취했기 때문에 일반 백성과 지방관청으로부터 많은 비난을 받게 되었다. 결국 교회는 국가와 교민조약(1889)을 체결하여 신앙의 자유를 법률적으로 보장받는 한편 신자들 역시 일반 백성과 같은 권리와 의무를 지님을 확인하게 되었다.
  요약하면 개화기의 한국교회는 민족과 국가 전체가 외세의 침입과 근대화의 변혁운동 속에서 갈등과 고통를 겪은 것과는 대조적으로, 점차 선교의 자유를 보장받으면서 교세의 확장과 교회의 조직, 각종 사업의 추진 등을 전개함으로써 활발한 활동을 펼쳐나갔다. 그리고 이 과정에서 정부의 공식적인 박해가 아니라 일반 백성들과 사회, 종교단체들과의 긴장관계를 갖게 되는 것이 특징으로 나타난다.

  2) 일제시대
  우리 민족에게 있어 결코 지워버릴 수 없는 36년동안의 일제 식민통치 기간은 민족사뿐 아니라 교회사의 관점에서도 신앙과 현실, 복음과 민족, 종교와 정치의 관계에 대해 많은 것을 깨우치게 하는 중요한 시기이다.
  일제 36년은 한일합방(1910)에서 3.1운동(1919), 3.1운동 이후부터 만주사변(1931), 그리고 해방된 1945년까지의 세 시기로 구분되며 이러한 일본 제국주의와 교회의 관계를 고찰하는 데는 당시 한국교회의 인적구성이 먼저 고려되어야 한다. 1910년 당시  교회의 현황을 보면, 70,000여명의 신자와 15명의 한국인 신부, 그리고 41명의 외국인 신부가 있었고, 교회 전체의 책임은 8대 교구장인 파리외방 전교회 뮈텔 주교였다. 이러한 한국인과 외국인 신부의 비율, 교회 책임자의 신분과 그에 따른 신앙유형 그리고 일제시대에 발생한 사건에 대한 상반된 태도 등을 고려할 때 프랑스인들로 구성된 교회 지도자들의 의사와 한국인 신자의 사고방식이 뚜렷하게 구분된다. 세계사의 입장에서 보면 일본의 한국 강점은 구미열강의 승인하에 이루어진 것이었으므로, 본국 정부의 입장과 관련하여 같은 프랑스인으로서 선교사의 활동에는 일정한 한계를 지닐 수 밖에 없었으며, 파리외방 전교회 자체가 정치에 관여하지 않으려는 정치불간섭주의를 내세웠다는 내적인 영향도 찾을 수 있다.더불어 교회창립 때부터 받아왔던 박해가 신교의 자유를 얻었음에도 불구하고 일제에 의해 재현될 것을 우려한 요인도 있었다.
  당시 교회 지도자들의 태도는 결과적으로 일제의 침략정책에 악용되어 동조하는 결과를 낳아 교회와 민족사에 갈등과 부정적인 영향을 주었고, 내적으로는 교회 지도자와 일반 신자들간에 분열을 일으켜 결국 교회의 발전에 있어 장애와 제약의 요소가 되었다. 이러한 현상이 대표적으로 나타나는 것이 안중근의 이등박문 암살사건(1909)이었다. 이 사건을 두고 뮈텔 주교는 안중근이 천주교인이라는 사실을 극구 부인하였고, 그에게 고해성사와 영성체를 허락한 빌렘 신부를 귀국 조치하였다. 또 3.1운동에 대해서도 단죄하는 태도를 취하였고 여기에 가담한 신학생들에 대해 징계조치와 휴교령을 내리는 한편, 일본이 합법적인 정부이므로 이에 반대하는 운동에 가담하는 것은 대죄에 속한다고 강론하기도 하였다. 일제초기(1910-1919)의 교회현황을 보면, 대구가 대목구로 설정되어 파리외전의 드망즈 주교가 책임을 맡게 되었으며(1911)신자의 연평균 증가율은 2.1%라는 저조한 기록을 나타내었다.한편 일제가 문화통치를 실시한 제2기(1919-1929)의 한국교회는 평신도들에 의해 사회복지사업에 적극성을 띠면서 각종 사회사업, 교육사업 및 언론출판 활동에 참여하기 시작하였다. 이를 통해 한국교회는 일제지배하에서 겪는 민족의 고통을 인식하고 동감하면서, 민족을 구원해야 한다는 구국사상을 고취시켜 나갔다.7) 또한 이 시기에 황국신민화 정책의 일환인 신사참배에 대해서도 1925년 [교리교사 지침서]를 통해 확실한 이단임을 밝히며 명백히 금지한다고 선언하였다.
  제3기(1929-1945)에 접어들면서 한국교회는 민족과 신앙을 외면하는 강압을 받았다. 먼저, 절대 거부한다는 입장을 밝혀온 신사참배 문제가 1936년 교황청의 허가와 일본 천주교 및 정부의 강요로 인해 적극적으로 권장하는 태도로 바뀌었다. 이와 더불어 태평양전쟁을 일으킨 일제에 의해 1940년 '국민총력연맹'의 결성이 강요되자 교회는 이에 응하였으며, 시국강연회를 개최하고 신사참배를 시행하였으며 8)순교정신으로 일제의 대륙침략전쟁을 위해 목숨을 다 바쳐 순국하자고 주장하였다. 또 세부사항으로 매일 아침에 황실의 안태(安泰)와 무운장구, 동양의 평화를 위해 기도하고, 매주 무운장구를 비는 미사를 거행하며, 수시로 시국강연회를 열고, 국방헌금을 거두는 것 등을 일제의 전쟁수행에 대한 협조사항으로 제시하여 실천케 했다.
   이러한 일제시대의 교회와 국가 관계를 다음과 같이 요약할 수 있다. 당시 교회의 구성으로 볼 때, 외국인 선교사가 주축이 된 지도자층이라는 한계를 지닌 교회는 무단통치 기간중에 한편으로는 일제의 침략을 정교분리주의에 입각하여 당연시 내지 동조하는 입장을 취하면서, 다른 한편으로는 민족해방과 독립을 목표로 투쟁하는 대조적인 모습을 보였다. 그후 일제의 문화통치가 실시되자 지도층과 신자들은 서로 협력하여 이에 호응하였고, 따라서 각종의 사회, 교육, 의료사업을 활발하게 전개하였다. 한편, 대륙침략 기간에 이르러 일제의 강압에 의해 교회는 국민총력연맹 등의 조직을 통해 일정하게 그들의 정책에 협력하였고, 이러한 교회의 일반적이며 전체적인 태도는 개신교와 대조를 이루면서 교회의 성장이나 신자의 수에 있어서도 부정적인 결과를 초래하였다.